巴比伦5号：第3季

心灵部队和克拉克总统（克拉克的政府发现了埋藏在地球太阳系中的暗影飞船）开始利用这些飞船的先进技术。克拉克政府的排外主义和极权主义日益盛行，并以军事事件为借口宣布戒严。这引发了火星的独立战争，而火星长期以来与地球的政治关系一直紧张。巴比伦5号也宣布脱离地球独立，其他几个地球联盟的外围殖民地也宣布独立。作为回应，地球联盟试图用武力夺回巴比伦5号，但在与该站结盟对抗日益增长的暗影威胁的明巴利人的帮助下，这次袭击被击退。由于担心暗影在其人民中日益增长的影响力，半人马座大使隆多·莫拉里试图切断与他们的关系。暗影的人类代表莫登先生策划谋杀莫拉里的情妇，并将罪责推给竞争对手半人马座家族，以此诱骗他恢复合作关系。暗影军与巴比伦5号和明巴利领导的联盟之间爆发了公开战争。人们得知，沃伦人的基因操纵是人类心灵感应的来源，因为后来发现暗影舰船容易受到心灵感应攻击。约翰·谢里丹舰长对沃伦人没有直接对抗暗影军感到不满，便威逼沃伦大使科什·纳拉内克对他们共同的敌人发动攻击。科什的行为导致他随后被暗影军暗杀。前空间站指挥官杰弗里·辛克莱返回巴比伦5号，寻求谢里丹舰长、德莱恩、伊万诺娃和马库斯的帮助，窃取巴比伦4号空间站，并将其送回1000年前，作为上次明巴利-暗影战争中对抗暗影军的行动基地。辛克莱在第一季结尾经历了与德莱恩相同的转变，化身为明巴利人，随后被揭露他才是明巴利传说中真正的瓦伦，而非转世。受他那被认为已故的妻子（现为暗影组织效力）再次出现的刺激，谢里丹前往暗影组织的母星扎杜姆，试图招募他。然而，他却在一次神风特攻队的核攻击中摧毁了暗影组织最大的城市，最后一次露面是跳入一个数英里深的深坑躲避爆炸。加里波第在与暗影舰队的战斗中失踪。